เรื่องราวชายหนุ่มธรรมดาที่ใช้ชีวิตง่ายๆ สบายๆไปวันๆจนกระทั่งเขาได้พบบุรุษลึกลับ ที่บอกว่าเขาคือคนเดียวที่จะปกป้องโลกจาก สงครามจักรกล ผลผลิตจากมันสมองมนุษย์ที่ ย้อนกลับมาทำลายผู้เป็นนายชายลึกลับฝึกให้ นีโอเป็นนักรบไซเบอร์ป้อนข้อมูลเข้าสู่สมอง ให้เขาทั้งความรู้วิทยาการและศิลปะการต่อสู้ เพื่อจะได้ต่อกรกับThe Matrix ศูนย์รวมพลังงาน แห่งโลกใหม่โลกทั้งโลกจึงฝากไว้กับนีโอแต่เพียงผู้เดียว
การหวนสู่โลกที่มีความจริง 2 ด้าน ด้านแรกคือชีวิตประจำวัน ส่วนอีกด้านหนึ่งคือสิ่งที่ซ่อนอยู่ เพื่อหาคำตอบว่าความจริงของเขาเป็นสิ่งที่จับต้องได้หรือเป็นเพียงสิ่งที่เกิดขึ้นในจิตใจ เพื่อเข้าใจตัวตนที่แท้จริงของตัวเอง คุณแอนเดอร์สัน ต้องเลือกตามกระต่ายขาวไปอีกครั้ง และหาก โธมัส นีโอ ได้เรียนรู้อะไรขึ้นมา นั่นคือทางเลือก ส่วนภาพหลอนที่เกิดขึ้นยังคงเป็นทางออกเดียวหรือเข้าสู่ เดอะ เมทริกซ์ แน่นอนว่า นีโอ รู้อยู่แล้วว่าต้องทำอะไรบ้าง แต่เขายังไม่รู้ว่า เดอะ เมทริกซ์ แข็งแกร่ง ปลอดภัย และอันตรายมากกว่าเดิม
ฤาคำพยากรณ์จะเป็นจริง? เป็นไรไปเพื่อพรุ่งนี้สงครามจะได้จบสิ้น? คุ้มค่ามิใช่หรือที่เราจะสู้? คุ้มค่ามิใช่หรือที่จะตาย? โธมัส "นีโอ" แอนเดอร์สัน (คีอานู รีฟส์) ตัดสินใจครั้งใหญ่หลวง เมื่อเขาเลือกที่จะตั้งคำถามเดียวกับที่ มอร์เฟียส (ลอว์เรนซ์ ฟิชเบิร์น) และ ทรีนิตี้ (แครี่-แอน มอส) เคยถามมาแล้วก่อนหน้าเขา ในการค้นหาและยอมรับความจริง เพื่อปลดปล่อยจิตใจของเขาจาก เมทริกซ์
ทุกอย่างที่มีจุดเริ่มต้น ย่อมมีจุดจบ... ในบทสรุปอันน่าพิศวงของเรื่อง The Matrix Reloaded นั้น นีโอ (คีอานู รีฟส์) ได้ก้าวไปอีกขั้นหนึ่งในการตามล่าหาความจริง ซึ่งเริ่มต้นด้วยการเดินทางเข้าสู่โลกอันแท้จริง จากจุดเริ่มต้นแห่ง เดอะ เมทริกซ์ ทว่าการแปรสภาพนั้นทำให้เขาต้องสูญเสียพลัง จนหมดสิ้น และล่องลอยไป ณ สถานที่ร้างผู้คน ซึ่งอยู่ระหว่างโลกเมทริกซ์ และโลกเครื่องจักร ในขณะที่ ทรีนิตี้ (แครี่-แอน มอส) คอยเฝ้าระแวดระวังร่างอันไร้สติของนีโอไว้ และมอร์เฟียซ (ลอว์เรนซ์ ฟิชเบิร์น) ต้องต่อสู้กับความจริงที่เผยให้รู้ว่า หนึ่งเดียว (The One) ผู้ซึ่งเขาได้ทุ่มเทความศรัทธาทั้งชีวิตให้นั้น เป็นเพียงระบบการควบคุมอีกระบบหนึ่งที่ถูก สร้างขึ้นมา โดยสถาปนิกแห่งเมทริกซ์
นักสืบ ดีน คอร์โซ (จอห์นนี่ เด็ปป์) ถูกว่าจ้างโดย บอริส บัลข่าน (แฟรงค์ แลนเจลล่า) ให้ตามหาหนังสือ “The Nine Gate of the Shadow Kingdom” ซึ่งเชื่อว่าเขียนขึ้นโดยซาตานลูซิเฟอร์ ปัญหาอยู่ที่เนื้อหาของหนังสือของเวทมนต์ที่สามารถปลุกชีพซาตานให้ฟื้นขึ้นมาอีกครั้ง การเดินทางตามหาหนังสือจากนิวยอร์กสู่โปรตุเกสและปารีส ดีนเริ่มถลำสู่หลุมพรางของความชั่วร้าย เขาได้สัมผัสกับความรุนแรง การตายที่เป็นปริศนาและเหตุการณ์พิลึกมากมายจนค้นพบจุดประสงค์ที่แท้จริงของการตามล่าหนังสือซาตานเล่มนี้
เมื่อวิล บาร์เทนเดอร์หนุ่มในนิวออร์ลีนส์เก็บโทรศัพท์ลึกลับได้หลังเหตุทะเลาะวิวาท เขาก็เริ่มได้รับข้อความสุดสะพรึงก่อนที่ปมปริศนาภายในจิตใจของเขาจะค่อยๆ เปิดเผย
แอบบี้เป็นหญิงตั้งครรภ์ที่มีแขกใหม่ที่น่าสนใจมาพักในอพาร์ตเมนต์เหนือโรงรถของเธอ ปรากฏว่าเขาคือผู้ส่งสารจากสวรรค์และกำลังเดินทางอย่างรวดเร็วไปตามวันสิ้นโลกโดยผ่านแม่น้ำที่นองเลือด ปลุกปั่นให้เกิดโรคระบาด และปฏิบัติตามพระคัมภีร์ทุกคำ
